리플리(시고니 위버 분)와 2명의 생존가 잠들어있는 타임 캡술은 지구로 귀환 중이다.

하지만 이미 에이리언이 침입하게 되어 화재가 나자 우주선은 리플리를 포함한 생존자들은 구명선(Eev Unit 2650)에

태워져 근처에 있는 광석 제련 설비를 갖춘 Y-염색체 이상범죄자 수용소인 피오리나 161 혹성(Fiorina "Fury" 161)에 비상 착륙시킨다.

하지만 리플리만 살아남고 작동 불가되어있는 휴머노이드(Synthetic Humanoid) 비숍(Bishop 341-B) 외에,

뉴트와 드웨인 힉스 상병(Cpl.Dwayne Hicks)은 이때 죽고 만다.

그 혹성에는 웨이랜드-유타니 노동 교도소 161(Weyland-Yutani Work Prison Fury 161)이라는 범죄자들의 유배지로 사용되는데,

에이리언에 의해 그곳에 살고 있는 개의 몸에서 새끼가 부화된다.

마치 들짐승 같이 행동하는 흉칙한 에이리언에 의해 수용인들이 하나 둘 죽어가고, 결국 이 혹성에 숨어 있다는 것을 알게 된

리플리는 유배되어 있는 25명의 범죄자들과 같이 이 괴물을 잡기로 한다.

다만 이 유배지는 감옥이기 때문에 무기가 없어 감옥의 지리를 이용하여 여러 명의 희생자를 내며 괴물 잡기에 열중한다.

그런데, 리플리는 타임 캡술을 타고 오는 동안 에일리언이 자신의 몸안에 알을 까놨다는 사실도 발견한다.

그러는 동안 지구 구조대에 연락이 되어 구조대가 도착한 순간 괴물도 리플리에 의해 죽어버리고

남은 것은 리플의 몸안에서 자라고 있는 또 하나의 에이리언. 구조대에 온 것은 비숍(랜스 헨릭슨 분)과 똑같이 생긴 자였는데,

그가 비숍을 설계했으며 회사 대표였다.

그는 리플리를 설득하여 같이 가자고 하지만 리플리는 지구에선 이 에이리언을 인위적으로 사용하여

생물 무기로 사용하려고 한다는 것을 안다.

구조대의 갖은 회유에도 불구하고 리플리는 배를 타고 튀어 나오는 에이리언 새끼를 품에 안고 붉게 타오르는 용광로로 몸을 던진다.